El Policlínico de la Capitanía del Puerto de Puno fue creado en el año 1970 con el objetivo de salvaguardar la salud del Personal Naval, fue remodelada el año 1988, siendo inaugurado en el mes de Diciembre del año 1991.

Cumple la función de velar por la salud del Personal Naval en Situación Militar de Actividad, Retiro y Familiares directos con derecho, ofreciendo Servicios de Medicina General y Odontología, siendo categorizado como establecimiento I-2 con Resolución Directoral Regional N° 0716-2018/DRS-PUNO-DESP-DSS de fecha 5 de junio del 2018. Asimismo, realiza acciones cívicas para el beneficio de la población.