La Comandancia de la Tercera Zona Naval, estableció su puesto de Comando en la ciudad de Arequipa, en setiembre de 1981. Es así que, al observar la necesidad de brindar atenciones de salud al personal militar que presta servicio en esa Unidad se solicitó el traslado de personal naval de la especialidad de enfermería y se designó un ambiente para dichas atenciones.

Actualmente la Sanidad de la Comandancia de la Tercera Zona Naval – Arequipa cuenta con Personal de Salud que atiende las Especialidades de Medicina General, Odontología, Psicología, Nutrición, Farmacia, Terapia Física y Rehabilitación, siendo categorizado como establecimiento I-2 con Resolución Gerencial Regional de Salud N° 0660-2018-GRA/GRS/GR-DESP de fecha 19 de junio del 2018. Asimismo, realiza acciones cívicas para el beneficio de la población.